CosmosID Publications

 

2016

Cross-talk among flesh-eating Aeromonas hydrophila strains in mixed infection leading to necrotizing fasciitis.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Jan 19.

Duraisamy Ponnusamy, Elena V. Kozlova, Jian Sha, Tatiana E. Erova, Sasha R. Azar, Eric C. Fitts, Michelle L. Kirtley, Bethany L. Tiner, Jourdan A. Andersson, Christopher J. Grim, Richard P. Isom, Nur A. Hasan, Rita R. Colwell, and Ashok K. Chopra

 

 

2015

Deep Sea Bacteria Related to Human Pathogenic Vibrio Species.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 May 26.

Hasan NA, Grim CJ, Lipp EK, Rivera ING, Chun J, Haley BJ, Taviani E, Hoq M, Munk AC, Brettin TS, Bruce DC, Challacombe JF, Detter JC, Han CS, Eisen JA, Huq A, Colwell RR.

 

Hybrid V. cholerae El Tor Lacking SXT Causing A Cholera Outbreak In The Philippines. mBio. 2015 Apr 21.

Klinzing DC, Choi SY, Hasan NA, Matias RR, Tayag E, Geronimo J, Skowronski E, Rashed SM, Kawashima K, Rosenzweig CN, Gibbons HS, Torres BC, Liles V, Alfon AC, Juan ML, Natividad FF, Cebula TA, and Colwell RR.

 

Concordance and discordance of sequence survey methods for molecular epidemiology

PeerJ. 2015 Feb 17

Castro-Nallar E, Hasan NA, Cebula TA, Colwell RR, Robison RA, Johnson WE, Crandall KA

 

Non-O1/non-O139 Vibrio cholerae carrying multiple virulence factors and V. cholerae O1 in the Chesapeake Bay, Maryland.

Appl Environ Microbiol. 2015 Mar.

Ceccarelli D, Chen A, Hasan NA, Rashed SM, Huq A, Colwell RR.

 

 

2014

Molecular diversity and predictability of Vibrio parahaemolyticus along the Georgian coastal zone of the Black Sea.

Frontiers in Microbiol. 2014 Feb 10.  

Bradd J. Haley, Tamuna Kokashvili, Ana Tskshvediani, Nino Janelidze, Nino Mitaishvili, Christopher J. Grim, Guillaume Constantin de Magny, Arlene Janet Chen, Elisa Taviani, Tamar Eliashvili, Marina Tediashvili, Chris A. Whitehouse, Rita R. Colwell, Anwar Huq

 

A priority-setting aid for new vaccine candidates.

Proceedings of the National Academy of Sciences USA 111(9)3199-3200.  

Charles Phelps, Guruprasad Madhavan, Kinpritma Sangha, Rino Rappuoli, Rita R. Colwell, Rose Marie Martinez, Patrick Kelley, and Lonnie King. 

 

Viewing Marine Bacteria, Their Activity and Response to Environmental Drivers from Orbit.

Microb Ecol. REVIEW. Published online Jan 30, 2014.  

D. Jay Grimes, Tim E. Ford, Rita R. Colwell, Craig Baker-Austin, Jaime Martinez-Urtaza, Ajit Subramaniam, Douglas G. Capone. 

 

Rapid Genomic Profiling of Staphylococcus aureus Antibiotic Resistance and Virulence Determinants.

Poster presented at the 2014 annual meeting of the American Society for Microbiology, Boston, MA. May, 17, 2014.  

Gene D. Godbold, Nur A. Hasan, Boyu Yang, Sara Rosasco Nitcher, Seon Young Choi, Poorani Subramanian, Roberto Rebeil, Huai Li, Seth A. Faith, Brian A. Young, Rita R. Colwell, Thomas A. Cebula

 

Microbial Community Profiling of Human Saliva Using Shotgun Metagenomic Sequencing

PLoS ONE 9(5): e97699. 2014 May 20  

Nur A. Hasan, Brian A. Young, Angela T. Minard-Smith, Kelly Saeed, Huai Li, Esley M. Heizer, Nancy J. McMillan, Richard Isom, Abdul Shakur Abdullah, Daniel M. Bornman, Seth A. Faith, Seon Young Choi, Michael L. Dickens, Thomas A. Cebula, Rita R. Colwell 

 

Rapid Microbial Community Profiling of Whole Genome Shotgun Metagenomes using High Performance Bioinformatic Tools and Curated Genomic Databases.

Poster presented at FDA conference on "Next-generation sequencing (NGS) technology, data formats standardization and promotion of interoperability protocols," Beltsville, MD. Sept. 24, 2014.  

Nur A. Hasan, Poorani Subramanian, Kelly Moffat, Richard Isom, J. Delton Hanson, Rick Wolcott, Huai Li, Thomas A. Cebula, Rita R. Colwell. 

 

Next Generation Sequencing-based Characterization of Bacteria from Bronchoalveolar Lavage Samples.

Poster presented at the 1st Annual ASM Conference on Polymicrobial Infections, Washington, DC. Nov. 13, 2014.  

S. Dillmore, C. Spargo, J. Baker, P. Haaland, S. Jurgensen, L. Godfrey, M. Ferguson, L. Hull, J. Harrington, N. Herrmann, T. Amiss, C. Chen, D. Clancy, T. Dyar, T. Cebula, N. Hasan

 

Genome Sequence of Escherichia coli O157:H7 Strain 2886-75, Associated with the First Reported Case of Human Infection in the United States.

Genome Announc. 2(1): e01120-13.  

Sanjar F, Hazen TH, Shah SM, Koenig SS, Agrawal S, Daugherty S, Sadewicz L, Tallon LJ, Mammel MK, Feng P, Soderlund R, Tarr PI, Debroy C, Dudley EG, Cebula TA, Ravel J, Fraser CM, Rasko DA, Eppinger M (2014). 

 

Genetic Variation of Vibrio cholerae during Outbreaks, Bangladesh, 2010-2011.

Emerging Infectious Diseases. 20(1)54-60.  

Shah M. Rashed, Andrew S. Azman, Munirul Alam, Shan Li, David A. Sack, J. Glenn Morris, Jr., Ira Longini, Abul Kasem Siddique, Anwarul Iqbal, Anwar Huq, Rita R. Colwell, R. Bradley Sack, and O. Colin Stine. 

 

Longitudinal analysis of microbial interaction between humans and the indoor environment.

Science 29 August 2014: Vol. 345 no. 6200 pp. 1048-1052.  

Simon Lax, Daniel P. Smith, Jarrad Hampton-Marcell, Sarah M. Owens, Kim M. Handley, Nicole M. Scott, Sean M. Gibbons, Peter Larsen, Benjamin D. Shogan, Sophie Weiss, Jessica L. Metcalf, Luke K. Ursell, Yoshiki Vázquez-Baeza, Will Van Treuren, Nur A. Hasan, Molly K. Gibson, Rita Colwell, Gautam Dantas, Rob Knight, Jack A. Gilbert 

 

Comparative Evaluation of DNA Extraction Methods for Environmental Shotgun Metagenomics.

Poster presented at the 2014 annual meeting of the American Society for Microbiology, Boston, MA. May, 17, 2014.  

SM Adnan, NA Hasan, RP Isom, K Moffat, AH Abdullah, J Dickens, D Ceccarelli, A Huq, TA Cebula, RR Colwell 

 

2013

Population Vulnerability to Biannual Cholera Outbreaks and Associated Macro-Scale Drivers in the Bengal Delta

Am. J. Trop. Med. Hyg. 89(5)950–959.  

Ali Shafqat Akanda, Antarpreet S. Jutla, David M. Gute, R. Bradley Sack, Munirul Alam, Anwar Huq, Rita R. Colwell, and Shafiqul Islam 

 

Global Diarrhoea Action Plan Needs Integrated Climate-based Surveillance.

Lancet Global Health. 2(2) e69-e70.   

Ali Shafqat Akanda, Antarpreet S. Jutla, Rita R. Colwell. 

 

Environmental Factors Influencing Epidemic Cholera.

American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. Published online July 29, 2013.  

Antarpreet Jutla, Elizabeth Whitcombe, Nur A Hasan, Bradd J. Haley, Ali Akanda, Anwar Huq, Munirul Alam, R. Bradley Sack, Rita R. Colwell. 

 

A water marker monitored by satellites to predict seasonal endemic cholera.

Remote Sensing Letters. 4(8):822-831 [802097].   

AS Jutla, Ali S Akanda, Anwar Huq, Faruque, Rita R. Colwell, S Islam. 

 

Drug response and genetic properties of Vibrio cholerae associated with endemic cholera in north-eastern Thailand.

J Med Microbiol. 2013 Apr;62(Pt 4):599-609. Epub 2013 Jan 14. PMID: 23319310  

Chomvarin C, Johura FT, Mannan SB, Jumroenjit W, Kanoktippornchai B, Tangkanakul W, Tantisuwichwong N, Huttayananont S, Watanabe H, Hasan NA, Huq A, Cravioto A, Colwell RR, Alam M. 

 

Mini Review: Prokaryotic responses to hydrostatic pressure in the ocean.

Environmental Microbiology 15(5): 1262-1274.  

Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Marc Garel, Rita R. Colwell, Jody W. Deming. 

 

A new integrative conjugative element detected in Haitian isolates of Vibrio cholerae non-O1/non-O139.

Research in Microbiology. 2013. 164(9):891-893. Epub 2013 Aug 28.  

Daniela Ceccarelli, Matteo Spagnoletti, Nur A. Hasan, Stephanie Lansing, Anwar Huq, Rita R. Colwell. 

 

Distribution and dynamics of epidemic and pandemic Vibrio parahaemolyticus virulence factors.

Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. Review Article. 3:Article 97.  

Daniela Ceccarelli, Nur A. Hasan, Anwar Huq, and Rita R. Colwell. 

 

Whole-genome draft sequences of 26 enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 strains.

Genome Announc. March/April 1(2):e00134-12.  

Eppinger M, Daugherty S, Agrawal S, Galens K, Sengamalay N, Sadzewicz L, Tallon L, Cebula TA, Mammel MK, Feng P, Soderlund R, Tarr PI, Debroy C, Dudley EG, Fraser CM, Ravel J  (2013). 

 

Quantification of Vibrio parahaemolyticus, Vibrio vulnificus and Vibrio cholerae in French Mediterranean coastal lagoons.

Research in Microbiology, Volume 164, Issue 8, October 2013, Pages 867–874.  

Franck Cantet, Franck, Dominique Hervio-Heath, Audrey Caro, Cécile Le Mennec, Caroline Monteil, Catherine Quéméré, Anne Jolivet-Gougeon, Rita R. Colwell, Patrick Monfort

 

Genome sequences of clinical Vibrio cholerae isolates from an oyster-borne cholera outbreak in Florida.

Genome Announc. November/December. 1(6): e00966-13.  

Haley BJ, Choi SY, Hasan NA, Abdullah ASH, Cebula TA, Huq A, Colwell RR (2013). 

 

Reply to Rice and Henderson-Sellers: Survival of the fittest is not always the best option.

Proceedings of the National Academy of Sciences USA 110(29):E2664.  

J. Shaman, S. Solomon, R.R. Colwell, C.B. Field. 

 

Engaging Actively with Issues in the Responsible Conduct of Science: Lessons from International Efforts Are Relevant for Undergraduate Education in the United States.

CBE-Life Sciences Education. 12 (Winter 2013) 596-603.   

John D. Clements, Nancy D. Connell, Clarissa Dirks, Mohamed El-Faham, Alastair Hay, Elizabeth Heitman, James H. Stith, Enriqueta C. Bond, Rita. R. Colwell, Lida Anestidou, Jo L. Husbands, and Jay B. Labov

 

Identification of bacteria in enrichment cultures of sulfate reducers in the Cariaco Basin water column employing Denaturing Gradient Gel Electrophoresis of 16S ribosomal RNA gene fragments.

Aquatic Biosystems. 9:17.  

Lorelei Bozo-Hurtado, M. Alexandra García-Amado, Andrei Chistoserdov, Ramon Varela, J. Jesus Narvaez, Rita Colwell, and Paula Suárez

 

Distribution of Virulence Genes in Clinical and Environmental Vibrio cholerae Strains in Bangladesh.

Applied and Environmental Microbiology 79(18):5782-5785. Epub 2013 Jul 19.  

Nur A. Hasan, Daniela Ceccarelli, Christopher J. Grim, Elisa Taviani, Jinna Choi, Abdus Adique, Munirul Alam, Abul K. Siddique, R. Bradley Sack, Anwar Huq, Rita R. Colwell. 

 

The Human Environment Interface: Applying Ecosystem Concepts to Health.

Curr Top Microbiol Immunol. 2013 May 1. 2013; 365:83-100. PMID:23633105.  

Preston ND, Daszak P, Colwell RR. 

 

Detection of Vibrio cholerae in environmental waters including drinking water reservoirs of Azerbaijan

Environ Microbiol Rep. Feb;5(1):30-8. doi: 10.1111/j.1758-2229.2012.00369.x. Epub 2012 Aug 13. PMID: 23757128  

Rashid A, Haley BJ, Rajabov M, Ahmadova S, Gurbanov S, Colwell RR, Huq

 

Vibrio cholerae O1 El Tor and O139 Bengal Strains Carrying ctxBET ,Bangladesh.

Emerging Infectious Diseases (Letter). 19(10)1713-1715.  

Shah M. Rashed, Anwarul Iqbal,Shahnewaj B. Mannan,Tarequl Islam,Mahamud-ur Rashid, Fatema-tuz Johura, Haruo Watanabe, Nur A. Hasan,Anwar Huq, O. Colin Stine,R. Bradley Sack,Rita R. Colwell, and Munirul Alam

 

Fostering advances in interdisciplinary climate science.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Feb 26;110 Suppl 1:3653-6.Epub 2013 Feb 25. PMID: 23440191.  

Shaman J, Solomon S, Colwell RR, Field CB. 

 

Ocean warming and spread of pathogenic vibrios in the aquatic environment.

Microb Ecol. May;65(4):817-25. Epub 2013 Jan 3. PMID: 23280498  

Vezzulli L, Colwell RR, Pruzzo C. 

 

2012

Alam M, Islam MT, Rashed SM, Johura FT, Bhuiyan NA, Delgado G, Morales R, Mendez JL, Navarro A, Watanabe H, Hasan NA, Colwell RR, Cravioto A  Vibrio cholerae Classical Biotype Strains Reveal Distinct Signatures in Mexico.  J Clin Microbiol2012 Apr 18. [Epub ahead of print] PMID: 22518867 

 

Duncan SS, Valk PL, Shaffer CL, Bordenstein SR, Cover TL. J-  Western Forms of Helicobacter pylori cagA Constitute a Distinct Phylogenetic Group with a Widespread Geographic Distribution.  J Bacteriol. 2012 Mar;194(6):1593-604. Epub 2012 Jan 13. PubMed PMID: 22247512; PubMed Central PMCID: PMC3294863. 

 

Easterday WR, Kausrud KL, Star B, Heier L, Haley BJ, Ageyev V, Colwell RR, Stenseth NC.  An additional step in the transmission of Yersinia pestis?  ISME J. 2012 Feb;6(2):231-6. doi: 10.1038/ismej.2011.105. Epub 2011 Aug 11. PubMed PMID: 21833036; PubMed Central PMCID: PMC3260498. 

 

Eppinger M, Mammel MK, Leclerc JE, Ravel J, Cebula TA.  Genomic anatomy of Escherichia coli O157:H7 outbreaks.  Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Dec 13;108(50):20142-7. Epub 2011 Nov 30. PubMed PMID: 22135463; PubMed Central PMCID: PMC3250189. 

 

Gurbanov S, Akhmadov R, Shamkhalova G, Akhmadova S, Haley BJ, Colwell RR, Huq A.  Occurrence of Vibrio cholerae in Municipal and Natural Waters and Incidence of Cholera in Azerbaijan.  Ecohealth2012 Mar 27. PubMed PMID: 22451165. 

 

Gurbanov S, Akhmadov R, Shamkhalova G, Akhmadova S, Haley BJ, Colwell RR, Huq A.   Occurrence of Vibrio cholerae in Municipal and Natural Waters and Incidence of Cholera in Azerbaijan.  Ecohealth2012 Mar 27. [Epub ahead of print] PMID: 22451165  

 

Haley BJ, Chen A, Grim CJ, Clark P, Diaz C M, Taviani E, Hasan NA Sancomb E, Elnemr WM, Islam MA, Huq A, Colwell RR and Benediktsdottir  E. Vibrio cholerae in a historically cholera-free country.  Environ Microbiol Reports. doi:?10.1111/j.1758-2229.2012.00332.x 

 

Hasan NA, Choi SY, Eppinger M, Clark PW, Chen A, Alam M, Haley BJ, Taviani E,  Hine E, Su Q, Tallon LJ, Prosper JB, Furth K, Hoq MM, Li H, Fraser-Liggett CM, Cravioto A,  Huq A, Ravel J, Cebula TA, Colwell RR  Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains  PNAS June 18, 2012, doi:10.1073/pnas.120735910 

 

Hasan NA, Choi SY,Eppinger M,Clark PW, Chen A, Alam M, Haley BJ, Taviani E,  Hine E, Su Q, Tallon LJ, Prosper JB, Furth K, Hoq MM, Li H, Fraser-Liggett CM, Cravioto A,  Huq A, Ravel J, Cebula TA, Colwell RR  Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains  PNAS 

 

Hasan NA, Choi SY,Eppinger M,Clark PW, Chen A, Alam M, Haley BJ, Taviani E,  Hine E, Su Q, Tallon LJ, Prosper JB, Furth K, Hoq MM, Li H, Fraser-Liggett CM, Cravioto A,  Huq A, Ravel J, Cebula TA, Colwell RR  Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains  PNAS June 18, 2012, doi:10.1073/pnas.120735910 

 

Nahar S, Sultana M, Naser MN, Nair GB, Watanabe H, Ohnishi M, Yamamoto S, Endtz H, Cravioto A, Sack RB, Hasan NA, Sadique A, Huq A, Colwell RR and Alam M.  Role of Shrimp Chitin in the Ecology of Toxigenic Vibrio cholerae and Cholera Transmission. 2012,  FrontMicrobio. 2:260. 

 

Taviani E, Spagnoletti M, Ceccarelli D, Haley BJ, Hasan NA, Chen A, Colombo MM, Huq A, Colwell RR.  Genomic analysis of ICEVchBan8: an atypical genetic element in Vibrio cholerae.  Accepted for publication at FEBS Letters. 

 

Vezzulli L, Brettar I, Pezzati E, Reid PC, Colwell RR, Hofle MG, Pruzzo C.  Long-term effects of ocean warming on the prokaryotic community: evidence from the vibrios.  ISME J. 2012 Jan;6(1):21-30. doi: 10.1038/ismej.2011.89. Epub 2011 Jul 14. PubMed PMID: 21753799; PubMed Central PMCID: PMC3246245. 

 

2011

Brown EW, Bell RL, Allard MW, Gonzalez-Escalona N, Perlloni A, LeClerc JE, Cebula TA   Reticulate Evolution Among the Group I Salmonellae: An Ongoing Role for Horizontal Gene Transfer.   In Salmonella – A Diversified Superbug, 209-230. 

 

Caburlotto G, Knight IT, Lleo MM, Taviani E, Huq A, Colwell RR  Environmental Vibrio parahaemolyticus DNA signatures validation.  Syst Appl Microbiol. 2011 Dec;34(8):617-20. Epub 2011 Sep 22. PMID: 21940129 

 

Constantin de Magny G, Mozumder PK, Grim CJ, Hasan NA, Naser MN, Alam M, Sack RB, Huq A, Colwell RR.  Population Dynamics of Vibrio cholerae and Cholera in the Bangladesh 3 Sundarbans: Role of Zooplankton Diversity.  Appl. Environ. Microbiol. 2011, 77(17):6125 

 

de Sablet T, Piazuelo MB, Shaffer CL, Schneider BG, Asim M, Chaturvedi R, Bravo LE, Sicinschi LA, Delgado AG, Mera RM, Israel DA, Romero-Gallo J, Peek RM Jr, Cover TL, Correa P, Wilson KT.  Phylogeographic origin of Helicobacter pylori is a determinant of gastric cancer risk.  Gut. 2011 Sep;60(9):1189-95. Epub 2011 Feb 25. PubMed PMID: 21357593; PubMed Central PMCID: PMC3133872. 

 

Eppinger M, Mammel MK, Leclerc JE, Ravel J, Cebula TA.  Genome signatures of Escherichia coli O157:H7 isolates from the bovine host reservoir.  Appl Environ Microbiol. 2011 May;77(9):2916-25. Epub 2011 Mar 18. PubMed PMID: 21421787; PubMed Central PMCID: PMC3126413. 

 

Fricke WF, Mammel MK, McDermott PF, Tartera C, White DG, Leclerc JE, Ravel J, Cebula TA.   Comparative genomics of 28 Salmonella enterica isolates: evidence for CRISPR-mediated adaptive sublineage evolution.  J Bacteriol. 2011 Jul;193(14):3556-68. Epub 2011 May 20. PubMed PMID: 21602358; PubMed Central PMCID: PMC3133335. 

 

Gong T, Xuan J, Chen L, Riggins RB, Li H, Hoffman EP, Clarke R, Wang Y.  Motif-guided sparse decomposition of gene expression data for regulatory module identification.  BMC Bioinformatics. 2011 Mar 22;12:82. PubMed PMID: 21426557; PubMed Central PMCID: PMC3072956. 

 

Hasan NA, Chowdhury WB, Rahim N, Sultana M, Shabnam SA, Mai V, Ali A, Morris GJ, Sack RB, Huq A, Colwell RR, Endtz HP, Cravioto A, and Alam M.  Metagenomic 16S rDNA Targeted PCR-DGGE in Determining Bacterial Diversity in Aquatic Ecosystem.  Bangladesh J Microbial, December 2010, 27(2):46-50 

 

Jackson SA, Patel IR, Barnaba T, LeClerc JE, Cebula TA.  Investigating the global genomic diversity of Escherichia coli using a multi-genome DNA microarray platform with novel gene prediction strategies.  BMC Genomics. 2011 Jul 6;12:349. PubMed PMID: 21733163; PubMed Central PMCID: PMC3146454. 

 

Kimes NE, Grim CJ, Johnson WR, Hasan NA, Tall BD, Kothary MH, Kiss H, Munk AC, Tapia R, Green L, Rogers Y, Detter JC, Bruce DC, Brettin TS, Colwell RR, Morris PJ.  Temperature Regulation of Virulence Factors in the Pathogen Vibrio coralliilyticus.  ISME J. 2011, 5(9): 1471-83. 

 

Kirschner AK, Schauer S, Steinberger B, Wilhartitz I, Grim CJ, Huq A, Colwell RR, Herzig A, Sommer R.  Interaction of Vibrio cholerae non-O1/non-O139 with copepods, cladocerans and competing bacteria in the large alkaline lake Neusiedler See, Austria.  Microb Ecol. 2011 Apr;61(3):496-506. Epub 2010 Nov 4. PubMed PMID: 21049271; PubMed Central PMCID: PMC3072514. 

 

Loh JT, Shaffer CL, Piazuelo MB, Bravo LE, McClain MS, Correa P, Cover TL.  Analysis of cagA in Helicobacter pylori strains from Colombian populations with contrasting gastric cancer risk reveals a biomarker for disease severity.  Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2011 Oct;20(10):2237-49. Epub 2011 Aug 22. PubMed PMID: 21859954; PubMed Central PMCID: PMC3189306. 

 

Sahl JW, Lloyd AL, Redman JC, Cebula TA, Wood DP, Mobley HL, Rasko DA.  Genomic characterization of asymptomatic Escherichia coli isolated from the neobladder.  Microbiology. 2011 Apr;157(Pt 4):1088-102. Epub 2011 Jan 20. PubMed PMID: 21252277. 

 

Sahl JW, Lloyd AL, Redman JC, Cebula TA, Wood DP, Mobley HLT, Rasko DA (2011)  Genomic characterization of asymptomatic Escherichia coli isolated from the neobladder  Microbiology 157:1088-1102  

 

Shaffer CL, Gaddy JA, Loh JT, Johnson EM, Hill S, Hennig EE, McClain MS, McDonald WH, Cover TL.  Helicobacter pylori exploits a unique repertoire of type IV secretion system components for pilus assembly at the bacteria-host cell interface.  PLoS Pathog. 2011 Sep;7(9):e1002237. Epub 2011 Sep 1. PubMed PMID:21909278; PubMed Central PMCID: PMC3164655. 

 

Souza CP, Almeida BC, Colwell RR, Rivera IN.  The importance of chitin in the marine environment.  Mar Biotechnol (NY). 2011 Oct;13(5):823-30. Epub 2011 May 24. PubMed PMID: 21607543. 

 

Yu G, Li H, Ha S, Shih IeM, Clarke R, Hoffman EP, Madhavan S, Xuan J, Wang Y.  PUGSVM: a caBIG™ analytical tool for multiclass gene selection and predictive classification.  Bioinformatics. 2011 Mar 1;27(5):736-8. Epub 2010 Dec 24. PubMed PMID: 21186245; PubMed Central PMCID: PMC3042183. 

 

Zhang B, Tian Y, Jin L, Li H, Shih IeMMadhavan S, Clarke R, Hoffman EP, Xuan J, Hilakivi-Clarke L, Wang Y.  DDN: a caBIGanalytical tool for differential network analysis.  Bioinformatics. 2011 Apr 1;27(7):1036-8. Epub 2011 Feb 3. PubMed PMID: 21296752; PubMed Central PMCID: PMC3065688. 

 

2010

Alam M, Hasan NA, Sultana M, Sadiq A, Nair GB, Faruque ASG, Endtz HP, Cravioto A, Sack RB, Huq A, Colwell RR, Arakawa E, Ohnishi M, Watanabe H.  Diagnostic Limitations to Accurate Diagnosis of Cholera.  J Clin Microbiol. 2010 Nov;48(11):3918-22. 

 

Caburlotto G, Lleo MM, Hilton T, Huq A, Colwell RR, Kaper JB. Central PMCID: PMC2897368.  Effect on human cells of environmental Vibrio parahaemolyticus strains carrying type III secretion system 2.  Infect Immun. 2010 Jul;78(7):3280-7. Epub 2010 May 17. PubMed PMID: 20479084; PubMed Central PMCID:PMC2897368 

 

Cebula TA, Fricke WF, Ravel J.  Foodborne outbreaks: What’s new, what’s not, and where do we go from here?  In: B Budowle, SE Schutzer, RG Breeze, PS Keim, SA Morse (eds.), Microbial Forensics, Second Edition. Elsevier Academic Press, Burlington, MA. pp. 29-41. 

 

Colwell RR, Wilcox BA.  Water, ecology, and health. Ecohealth. 2010 Jun;7(2):151-2.  Epub 2010 Aug 10. PubMed PMID: 20697771. 

 

Fricke WF, Cebula TA, Ravel J  Genomics  In: B Budowle, SE Schutzer, RG Breeze, PS Keim, SA Morse (eds.), Microbial Forensics, Second Edition. Elsevier Academic Press, Burlington, MA. pp. 479-492.  

 

Gangwer KA, Shaffer CL, Suerbaum S, Lacy DB, Cover TL, Bordenstein SR.  Molecular evolution of the Helicobacter pylori vacuolating toxin gene vacA.  J Bacteriol. 2010 Dec;192(23):6126-35. Epub 2010 Sep 24. PubMed PMID: 20870762; PubMed Central PMCID: PMC2981223. 

 

Grim CJ, Hasan NA, Taviani E, Haley B, Chun J, Brettin TS, Bruce DC, Detter JC, Han CS, Chertkov O, Challacombe J, Huq A, Nair GB, Colwell RR.  Genome sequence of hybrid Vibrio cholerae O1 MJ-1236, B-33, and CIRS101 and comparative genomics with V. cholerae.  J Bacteriol. 2010 Jul;192(13):3524-33. Epub 2010 Mar 26. PubMed PMID: 20348258. 

 

Grim CJ, Choi J, Chun J, Jeon YS, Taviani E, Hasan NA, Haley B, Huq A, Colwell RR.  Occurrence of the Vibrio cholerae seventh pandemic VSP-I island and a new variant.  OMICS. 2010 Feb;14(1):1-7. PubMed PMID: 20141327. 

 

Haley B, Grim CJ, Hasan NA, Taviani E, Chun J, Brettin T, Bruce D, Challacombe JF, Detter JC, Han CS, Huq A, Nair GB, Colwell RR.  The Pre-7th Pandemic Vibrio cholerae BX 330286 El Tor Genome; Evidence for the Environment as a Genome Reservoir.  Environ Microbiol Reports.2010; 2(1): 208-216. 

 

Haley BJ, Grim CJ, Hasan NA, Choi SY, Chun J, Brettin TS, Bruce DC, Challacombe JF, Detter JC, Han CS, Huq A, Colwell RR.  Comparative genomic analysis reveals evidence of two novel Vibrio species closely related to V. cholerae.  BMC Microbiol. 2010 May 27;10(1):154. PubMed PMID: 20507608. 

 

Hasan NA, Grim CJ, Haley BJ, Chun J, Alam M, Taviani E, Hoq M, Munk AC, Saunders E, Brettin TS, Bruce DC, Challacombe JF, Detter JC, Han CS, Xie G, Nair GB, Huq A, Colwell RR.  Comparative genomics of clinical and environmental Vibrio mimicus.  Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Dec 7; 107(49):21134-9. 

 

Huq A, Yunus M, Sohel SS, Bhuiya A, Emch M, Luby SP, Russek-Cohen E, Nair GB, Sack RB, Colwell RR.  Simple sari cloth filtration of water is sustainable and continues to protect villagers from cholera in Matlab, Bangladesh.  MBio. 2010 May 18;1(1). pii: e00034-10. PubMed PMID: 20689750; PubMed Central PMCID: PMC2912662. 

 

Senoh M, Ghosh-Banerjee J, Ramamurthy T, Hamabata T, Kurakawa T, Takeda M, Colwell RR, Nair GB, Takeda Y.  Conversion of viable but nonculturable Vibrio cholerae to the culturable state by co-culture with eukaryotic cells.  Microbiol Immunol. 2010 Sep;54(9):502-7. PubMed PMID: 20840148. 

 

Siddique AK, Nair GB, Alam M, Sack DA, Huq A, Nizam A, Longini IM JrQadri F, Faruque SM, Colwell RR, Ahmed S, Iqbal A, Bhuiyan NA, Sack RB.  El Tor cholera with severe disease: a new threat to Asia and beyond.  Epidemiol Infect. 2010 Mar;138(3):347-52. Epub 2009 Aug 14. PubMed PMID: 19678971. 

 

Taviani E, Grim CJ, Choi J, Chun J, Haley B, Hasan NA, Huq A, Colwell RR.  Discovery of novel Vibrio cholerae VSP-II genomic islands using comparative genomic analysis.  FEMS Microbiol Lett. 2010 May 6. PubMed PMID: 20528940. 

 

Wang C, Xuan J, Li H, Wang Y, Zhan M, Hoffman EP, Clarke R.  Knowledge-guided gene ranking by coordinative component analysis.  BMC Bioinformatics. 2010 Mar 30;11:162. PubMed PMID: 20353603; PubMed Central PMCID: PMC2865494. 

 

Whitehouse CA, Baldwin C, Sampath R, Blyn LB, Melton R, Li F, Hall TA, Harpin V, Matthews H, Tediashvili M, Jaiani E, Kokashvili T, Janelidze N, Grim C, Colwell RR, Huq A.  Identification of pathogenic Vibrio species by multilocus PCR-electrospray ionization mass spectrometry and its application to aquatic environments of the former soviet republic of Georgia.  Appl Environ Microbiol. 2010 Mar;76(6):1996-2001. Epub 2010 Jan 29. PubMed PMID: 20118359; PubMed Central PMCID: PMC2838023. 

 

2009

Alam M, Chowdhury WB, Bhuiyan NA, Islam A, Hasan NA, Nair GB, Watanabe H, Siddique AK, Huq A, Sack RB, Akhter MZ, Grim CJ, Kam KM, Luey CK, Endtz HP, Cravioto A, Colwell RR.  Serogroup, virulence, and genetic traits of Vibrio parahaemolyticus in the estuarine ecosystem of Bangladesh.  Appl Environ Microbiol. 2009 Oct;75(19):6268-74. Epub 2009 Aug 14. PubMed PMID: 19684167; PubMed Central PMCID: PMC2753069. 

 

Ayodeji M, Kulka M, Jackson SA, Patel I, Mammel M, Cebula TA, Goswami BB.  A microarray based approach for the identification of common foodborne viruses.  Open Virol J. 2009 Mar 19;3:7-20. PubMed PMID: 19718237; PubMed Central PMCID: PMC2707758. 

 

Bowler C, Karl DM, Colwell RR.  Microbial oceanography in a sea of opportunity.  Nature. 2009 May 14;459(7244):180-4. PubMed PMID: 19444203. 

 

Chun J, Grim CJ, Hasan NA, Lee JH, Choi SY, Haley BJ, Taviani E, Jeon YS, Kim DW, Lee JH, Brettin TS, Bruce DC, Challacombe JF, Detter JC, Han CS, Munk AC, Chertkov O, Meincke L, Saunders E, Walters RA, Huq A, Nair GB, Colwell RR.  Comparative genomics reveals mechanism for short-term and long-term clonal transitions in pandemic Vibrio choleraeProc Natl Acad Sci U S A. 2009 Sep 8;106(36):15442-7. Epub 2009 Aug 31. PubMed PMID: 19720995; PubMed Central PMCID: PMC2741270. 

 

Constantin de Magny G, Colwell RR.  Cholera and climate: a demonstrated relationship.  Trans Am Clin Climatol Assoc. 2009;120:119-28. PubMed PMID: 19768169; PubMed Central PMCID: PMC2744514. 

 

Constantin de Magny G, Long W, Brown CW, Hood RR, Huq A, Murtugudde R, Colwell RR.  Predicting the distribution of Vibrio spp. in the Chesapeake Bay: a Vibrio cholerae case study.  Ecohealth. 2009 Sep;6(3):378-89. Epub 2010 Feb 10. PubMed PMID: 20145974; PubMed Central PMCID: PMC2880626. 

 

Ford TE, Colwell RR, Rose JB, Morse SS, Rogers DJ, Yates TL.  Using satellite images of environmental changes to predict infectious disease outbreaks  Emerg Infect Dis. 2009 Sep;15(9):1341-6. PubMed PMID: 19788799; PubMed Central PMCID: PMC2819876. 

 

Fricke WF, McDermott PF, Mammel MK, Zhao S, Rasko DA, Fedorka-Cray PJ, Maurer J, Whichard, JM, LeClerc JE, White DG, Cebula TA, Ravel J.   Antimicrobial resistance-encoding APEC plasmids in Salmonella enterica serovar Kentucky from poultry  Appl. Environ. Microbiol. 75: 5963-5971 

 

Fricke WF, Welch TJ, McDermott PF, Mammel MK, LeClerc JE, White DG, Cebula TA, Ravel J.  Comparative genomics of the IncA/C multidrug resistance plasmid family.  J Bacteriol. 2009 Aug;191(15):4750-7. Epub 2009 May 29. PubMed PMID: 19482926; PubMed Central PMCID: PMC2715731. 

 

Grim CJ, Zo YG, Hasan NA, Ali A, Chowdhury WB, Islam A, Rashid MH, Alam M, Morris JG JrHuq A, Colwell RR.  RNA colony blot hybridization method for enumeration of culturable Vibrio cholerae and Vibrio mimicus bacteria.  Appl Environ Microbiol. 2009 Sep;75(17):5439-44. Epub 2009 Jun 26. PubMed PMID: 19561182; PubMed Central PMCID: PMC2737924. 

 

Jakupciak JP, Colwell RR.  Biological agent detection technologies.  Mol Ecol Resour. 2009 May;9 Suppl s1:51-7. doi: 10.1111/j.1755-0998.2009.02632.x. PubMed PMID: 21564964. 

 

Li H, Sun Y, Zhan M.  Exploring pathways from gene co-expression to network dynamics.  Methods Mol Biol. 2009;541:249-67. Review. PubMed PMID: 19381544; PubMed Central PMCID: PMC2786169. 

 

Li H, Zhan M.  Identifying Conserved and Divergent Transcriptional Modules by Cross-species Matrix Decomposition on Microarray Data.  J Proteomics Bioinform. 2009 Mar 12;2:117. PubMed PMID: 20148181; PubMed Central PMCID: PMC2817969. 

 

McClain MS, Shaffer CL, Israel DA, Peek RM Jr, Cover TL.  Genome sequence analysis of Helicobacter pylori strains associated with gastric ulceration and gastric cancer.  BMC Genomics. 2009 Jan 5;10:3. PubMed PMID: 19123947; PubMed Central PMCID: PMC2627912. 

 

Mohapatra SS, Ramachandran D, Mantri CK, Colwell RR, Singh DV.  Determination of relationships among non-toxigenic Vibrio cholerae O1 biotype El Tor strains from housekeeping gene sequences and ribotype patterns.  Res Microbiol. 2009 Jan-Feb;160(1):57-62. Epub 2008 Nov 5. PubMed PMID: 19028569. 

 

Watson BJ, Zhang H, Longmire AG, Moon YH, Hutcheson SW.  Processive endoglucanases mediate degradation of cellulose by Saccharophagus degradans.  J Bacteriol. 2009 Sep;191(18):5697-705. Epub 2009 Jul 17. PubMed PMID: 19617364; PubMed Central PMCID: PMC2737977. 

 

Zhang B, Li H, Riggins RB, Zhan M, Xuan J, Zhang Z, Hoffman EP, Clarke R, Wang Y.  Differential dependency network analysis to identify condition-specific topological changes in biological networks.  Bioinformatics. 2009 Feb 15;25(4):526-32. Epub 2008 Dec 26. PubMed PMID: 19112081; PubMed Central PMCID: PMC2642641. 

 

Zimin AV, Delcher AL, Florea L, Kelley DR, Schatz MC, Puiu D, Hanrahan F, Pertea G, Van Tassell CP, Sonstegard TS, Mar?ais G, Roberts M, Subramanian P, Yorke JA, Salzberg SL.  A whole-genome assembly of the domestic cow, Bos taurus.  Genome Biol. 2009;10(4):R42. Epub 2009 Apr 24. PubMed PMID: 19393038; PubMed Central PMCID: PMC2688933. 

 

2008

Constantin de Magny G, Murtugudde R, Sapiano MR, Nizam A, Brown CW, Busalacchi AJ, Yunus M, Nair GB, Gil AI, Lanata CF, Calkins J, Manna B, Rajendran K, Bhattacharya MK, Huq A, Sack RB, Colwell RR.  Environmental signatures associated with cholera epidemics.  Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Nov 18;105(46):17676-81. Epub 2008 Nov 10. PubMed PMID: 19001267; PubMed Central PMCID: PMC2584748. 

 

Gong T, Xuan J, Wang C, Li H, Hoffman E, Clarke R, Wang Y.  Gene module identification from microarray data using nonnegative independent component analysis.  Gene Regul Syst Bio. 2008 Jan 15;1:349-63. PubMed PMID: 19936101; PubMed Central PMCID: PMC2759148. 

 

Huang L, Cheng HC, Isom R, Chen CS, Levine RA, Pauli BU.  Protein kinase Cepsilon mediates polymeric fibronectin assembly on the surface of blood-borne rat breast cancer cells to promote pulmonary metastasis.  J Biol Chem. 2008 Mar 21;283(12):7616-27. Epub 2008 Jan 8. PubMed PMID: 18184652.18516288; PubMed Central PMCID: PMC2386152. 

 

Jackson SA, Patel I, LeClerc JE, Cebula TA, et al.   Principles of Functional Genomic Analysis  In:  Genomics: Fundamentals and Applications.  Ed: S Choudhuri and DB Carlson. Informa Healthcare USA, Inc.  New York, New York pp 129-171. 

 

Kotewicz ML, Mammel MK, LeClerc JE, Cebula TA.  Optical mapping and 454 sequencing of Escherichia coli O157 : H7 isolates linked to the US 2006 spinach-associated outbreak. Microbiology.  2008 Nov;154(Pt 11):3518-28. PubMed PMID: 18957604. 

 

Lee HS, Kang SG, Bae SS, Lim JK, Cho Y, Kim YJ, Jeon JH, Cha SS, Kwon KK, Kim HT, Park CJ, Lee HW, Kim SI, Chun J, Colwell RR, Kim SJ, Lee JH.  The complete genome sequence of Thermococcus onnurineus NA1 reveals a mixed heterotrophic and carboxydotrophic metabolism.  J Bacteriol. 2008 Nov;190(22):7491-9. Epub 2008 Sep 12. PubMed PMID: 18790866; PubMed Central PMCID: PMC2576655. 

 

Li H, Xuan J, Wang Y, Zhan M.  Inferring regulatory networks.  Front Biosci. 2008 Jan 1;13:263-75. Review. PubMed PMID: 17981545. 

 

Lizarraga-Partida ML, Mendez-Gomez E, Rivas-Montano AM, Vargas-Hernendez E, Portillo-Lopez A, Gonzolez-Ramirez AR, Huq A, Colwell RR.  Association of Vibrio cholerae with plankton in coastal areas of Mexico.  Environ Microbiol. 2009 Jan;11(1):201-8. Epub 2008 Sep 10. PubMed PMID: 18793311. 

 

Mukherjee A, Mammel MK, LeClerc JE, Cebula TA.  Altered utilization of N-acetyl-D-galactosamine by Escherichia coli O157:H7 from the 2006 spinach outbreak.  J Bacteriol. 2008 Mar;190(5):1710-7. Epub 2007 Dec 21. PubMed PMID: 18156259; PubMed Central PMCID: PMC2258687. 

 

Mukherjee A, Mammel MK, LeClerc JE, Cebula TA   Phenotypic Microarray Approaches to the Study of Microbes   In:  Genomics: Fundamentals and Applications.  Ed: S Choudhuri and DB Carlson. Informa Healthcare USA, Inc.  New York, New York pp 305-314. 

 

Sun Y, Li H, Liu Y, Mattson MP, Rao MS, Zhan M.  Evolutionarily conserved transcriptional co-expression guiding embryonic stem cell differentiation.  PLoS One. 2008;3(10):e3406. Epub 2008 Oct 15. PubMed PMID: 18923680; PubMed Central PMCID: PMC2566604. 

 

Wang J, Li H, Zhu Y, Yousef M, Nebozhyn M, Showe M, Showe L, Xuan J, Clarke R, Wang Y.  VISDA: an open-source caBIG analytical tool for data clustering and beyond. Bioinformatics. 2007 Aug 1;23(15):2024-7.  Epub 2007 May 31. PubMed PMID: 17540678. 

 

Weiner RM, Taylor LE 2nd, Henrissat B, Hauser L, Land M, Coutinho PM, Rancurel C, Saunders EH, Longmire AG, Zhang H, Bayer EA, Gilbert HJ, Larimer F, Zhulin IB, Ekborg NA, Lamed R, Richardson PM, Borovok I, Hutcheson S.  Complete genome sequence of the complex carbohydrate-degrading marine bacterium, Saccharophagus degradans strain 2-40 T.  PLoS Genet. 2008 May 30;4(5):e1000087. PubMed PMID:18516288; PubMed Central PMCID:PMC2386152 

 

Zhu Y, Li H, Miller DJ, Wang Z, Xuan J, Clarke R, Hoffman EP, Wang Y.  caBIG VISDA: modeling, visualization, and discovery for cluster analysis of genomic data.  BMC Bioinformatics. 2008 Sep 18;9:383. PubMed PMID: 18801195; PubMed Central PMCID: PMC2566986. 

 

Zo YG, Chokesajjawatee N, Grim C, Arakawa E, Watanabe H, Colwell RR.  Diversity and seasonality of bioluminescent Vibrio cholerae populations in Chesapeake Bay.  Appl Environ Microbiol. 2009 Jan;75(1):135-46. Epub 2008 Nov 14. PubMed PMID: 19011071; PubMed Central PMCID: PMC2612198.